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「高雄醫學院」成立於民國43年,於民國88年8月1日通過教育部審核升格改制為「高雄醫學大學」,醫學院為當時成立的六個學院之一。
醫學院視院務發展所需,設置「教學」、「研發」、「國際」、「學務」及「綜合」等五組,並於96學年度起為積極推動研究陸續設立:
「熱帶醫學研究中心」、「敗血症研究中心」、「醫學教育研究中心、「糖尿病研究中心」及「肝炎研究中心」。